南方医院感染内科是我国高水平的临床感染病科室之一，是国家重点学科（消化病学）肝病部、国家新药临床试验基地、国家临床重点专科、器官衰竭防治国家重点实验室，是中华医学会感染病学分会前任主任委员单位、亚太肝病学会前任主席单位，为博士学位授权点和临床医学博士后流动站单位。

学科自1951年创办以来，恪守“崇德笃行 开拓创新”的建设理念，紧密围绕学科发展和青年人才队伍建设的目标，不断提升医疗服务质量、锐意创新服务特色、热心服务社会公益。在2019年中国医院最佳专科声誉排行榜中，南方医院感染内科位居全国第三，华南地区排名第一。现有医护人员176人，35周岁以下青年人数（124人）占70%，是一支优秀的年轻队伍。

学科设专科床位164张，划分三个病区，分别为肝脏中心病区、疑难感染（发热）病区及肝脏肿瘤病区，设有国内一流的实验研究平台和重症感染负压病房，年门急诊量超过12万人次。集体先后荣膺国家科技进步二等奖2项、广东省科技进步一等奖获奖3项、集体二等功1次，获防治非典工作先进单位（2003年）、“全国三八红旗集体”（2008年）、全国医药卫生系统先进单位（2009年）、“广东省五四红旗团支部”（2017年）、“全国五四红旗团支部”（2018年）及广东省学雷锋示范点（2018年）等荣誉称号。